Η ιστορική περίοδος της Αιγύπτου ξεκίνησε στο γύρισμα της τρίτης και τέταρτης χιλιετίας πριν από τη γέννηση του Χριστού. Η αρχαία πολιτιστική παράδοση, δεχόμενη την επιρροή των εισβολέων και τις εσωτερικές ανατροπές, κράτησε μέχρι την υιοθέτηση του Χριστιανισμού τον τέταρτο αιώνα μ. Χ. Για σχεδόν τρεισήμισι χιλιάδες χρόνια, ο κατάλογος και οι λειτουργίες των αιγυπτιακών θεών έχουν υποστεί σημαντικές αλλαγές. Οι Αιγύπτιοι θεοί απέκτησαν χαρακτηριστικά και ονόματα χαρακτηριστικά των γειτόνων τους - Ασσύριοι, Χετταίοι, Υξοί, Έλληνες.
Μετά την ενοποίηση της Αιγύπτου υπό την κυριαρχία ενός μόνο ηγεμόνα, πολλοί θεοί επιμέρους περιοχών και φυλών της χώρας εισήλθαν στο κοινό πάνθεον, αλλά οι περισσότεροι από αυτούς ήταν σεβαστοί μόνο στο περιβάλλον όπου προήλθε η λατρεία τους. Μερικοί θεοί απέκτησαν σταδιακά ένα κοινό αιγυπτιακό νόημα. Η θεά Μπαστέ, που έχει κεφάλι γάτας, αναμφίβολα αναπτύχθηκε από μια λατρεία λατρείας για τις γάτες ως φύλακες των αποθεμάτων σιτηρών από ποντίκια. Η γεωργία έπαιξε τεράστιο ρόλο στην Αίγυπτορόλο, σε αντίθεση, για παράδειγμα, με την Ελλάδα, που ανέβηκε κυρίως λόγω εμπορικών και στρατιωτικών κατακτήσεων. Οι ανθρωπόμορφοι αιγύπτιοι θεοί ήταν συχνά προικισμένοι με το κεφάλι ενός ζώου, με βάση τη λατρεία του οποίου προέκυψε αυτή ή εκείνη η λατρεία. Για παράδειγμα, ο θεός Θωθ είχε κεφάλι ίβις, η θεά Σοχμέτ (Σεχμέτ) είχε κεφάλι λιονταριού, ο Άνουβις είχε κεφάλι σκύλου.
Καθώς αυξήθηκαν ορισμένες περιοχές της χώρας, έγινε αλλαγή δυναστειών ή «μετακίνηση» της πρωτεύουσας σε νέο μέρος, άλλαξαν και οι Αιγύπτιοι θεοί του «πρώτου κλιμακίου». Ένα ενδιαφέρον χαρακτηριστικό της αρχαίας αιγυπτιακής θρησκείας ήταν η παρουσία ενός μεγάλου αριθμού κοσμογονικών μύθων (δηλαδή εκδοχών της προέλευσης του κόσμου) και σε κάθε τοποθεσία η τοπική θεότητα έπαιζε τον κύριο ρόλο σε αυτό το δύσκολο θέμα.
Οι Αιγύπτιοι θεοί σε τόσο μεγάλους αριθμούς, που έγιναν η βάση για τον τοπικό αυτονομισμό, αναμφίβολα, δεν χρειάζονταν ούτε μια χώρα. Επιπλέον, πολυάριθμες λατρείες απαιτούσαν τη δαπάνη μεγάλου όγκου υλικών πόρων, οι οποίοι μπορούσαν να δαπανηθούν με πολύ μεγαλύτερο όφελος για την εσωτερική διευθέτηση της χώρας, για τη συντήρηση του στρατού κ.λπ. Και έχοντας μεγάλο πλούτο και επιρροή, οι ιερατικές φυλές απειλούσαν άμεσα τη μοναδική εξουσία του φαραώ.
Όλα τα λαμβανόμενα υπόψη, ο Φαραώ Amenhotep IV, λαμβάνοντας το όνομα του Akhenaten, εισάγει τη λατρεία μιας δευτερεύουσας τοπικής θεότητας Aton (του θεοποιημένου ηλιακού δίσκου) ως κοινή αιγυπτιακή θρησκεία. Όμως η αδράνεια της παράδοσης ήταν πολύ ισχυρή και ο Ακενατόν πεθαίνει πριν φτάσει στα σαράντα. Σύμφωνα με την πιο πειστική εκδοχή, ήτανδηλητηριασμένος. Είναι αλήθεια ότι η δίωξη δεν άγγιξε την οικογένεια και η γυναίκα του (η διάσημη Νεφερτίτη) παρέμεινε ζωντανή πολλά χρόνια μετά τον θάνατο του συζύγου της.
Μετά την κατάληψη της χώρας από τους Πέρσες και αργότερα από τους Έλληνες, οι Αιγύπτιοι θεοί και θεές αρχίζουν σταδιακά να χάνουν την προηγούμενη επιρροή τους, να πέφτουν σε παρακμή. Συγχωνεύονται με τους θεούς των εισβολέων. Για παράδειγμα, ο Μέγας Αλέξανδρος τιμούνταν στην Αίγυπτο ως ο γιος του Δία-Άμωνα, μιας συγκρητικής αιγυπτιακής-ελληνιστικής θεότητας.
Όταν οι Αιγύπτιοι θεοί, των οποίων τα ονόματα είχαν τόσο τοπική όσο και μεικτή προέλευση, άρχισαν να δίνουν τη θέση τους σε μια νέα θρησκεία - τον Χριστιανισμό, άρχισε σταδιακά η λήθη της αρχαίας αιγυπτιακής γραφής. Κατά τη βασιλεία του αυτοκράτορα Κωνσταντίνου, πέθανε ο τελευταίος φορέας της αιγυπτιακής θρησκευτικής παράδοσης, μετά τον οποίο για πολλούς αιώνες τα ονόματα των αρχαίων αιγυπτιακών θεών ήταν γνωστά μόνο από τα γραπτά Ελλήνων και Ρωμαίων ιστορικών. Αλλά και οι δύο γνώρισαν τον αιγυπτιακό πολιτισμό σε μια εποχή που είχε ήδη φθίνει, και είναι απίθανο οι ιερείς να μύησαν ξένους (συχνά επιθετικούς) στα μυστικά της θρησκείας τους.
Προσπάθειες αποκρυπτογράφησης των αρχαίων ιερογλυφικών έγιναν επανειλημμένα τόσο από Άραβες επιστήμονες όσο και από Ευρωπαίους, αλλά χωρίς αποτέλεσμα. Και μόνο στις αρχές του δέκατου ένατου αιώνα, ο λαμπρός γλωσσολόγος Francois Champollion κατάφερε να βρει το κλειδί για την αποκρυπτογράφηση των αιγυπτιακών κειμένων. Από εκείνη τη στιγμή ξεκίνησε η σύγχρονη εποχή της μελέτης της ιστορίας και του πολιτισμού της Αρχαίας Αιγύπτου.
